Никогда не поверю, что Москва чище чем Московская область.

Аналогично. Это первое, что бросается в глаза. Методика подсчета не представлена на сайте, эту информацию приходится скачивать, что само по себе подрывает доверие к представленным данным. При ближайшем рассмотрении становится ясно, что рейтинг составляется не на основе каких-то измерений, цифр и объективных показателей, а при помощи экспертных оценок. Эксперты ставят плюсики и минусы по позициям, включающим ЖКХ, науку, культуру, психологический климат и т.п... В общем, с чистотой этот рейтинг имеет мало общего.